國際上通用的巴氏消毒法主要有兩種：

1將牛奶加熱到62-65℃，保持30分鐘。這種方法目前在廣東較少使用。采用這一方法，可殺死牛奶中各種生長型致病菌，滅菌效率可達97.3％-99.9％，經消毒后殘留的只是部分嗜熱菌及耐熱性菌以及芽孢等，但這些細菌占多數的是乳酸菌，乳酸菌不但對人無害反而有益健康。

2將牛奶加熱到75-90℃，保溫15-16秒，其殺菌時間更短，工作效率更高。但殺菌的基本原則是，能將病原菌殺死即可，溫度太高反而會有較多的營養損失。巴氏消毒的方法的溫度為63-85℃高溫消毒：

高溫消毒：所謂高溫消毒，又稱無菌消毒，一般是通過高壓高溫的方式，將溫度提升到120℃以上，來殺死細菌。

巴氏消毒和高溫消毒的不同之處在于，巴氏消毒只是殺死牛奶中90％以上有害的細菌，但是保留其中絕大部分的有益細菌。而高溫消毒則是是殺死所有的細菌，不論是否有益的病菌，通常奶粉，和絕大部分各種各樣的“牛奶”，“果奶”“鮮奶”都是通過無菌消毒的。

只有酸奶是經過巴氏消毒，并保存在適當的溫度，使奶漿中的有益菌進一步發酵，成長，之后飲用。所以為什么很多人愿意喝酸奶。主要差別在這里。