食品經營許可證的辦理流程如下：
1、取得個體工商戶營業執照；
2、辦理健康證和知識培訓合格證，一般可以去醫院或者當地敬衡防疫站辦，最好帶上營業執照副本、公章和身份證橋液去；
3、去醫院體檢后，一般2-3個工作日健康證和知識培訓合格證就可以出來了；
4、準備食品經營許可證申請表，可以向當地市場監督管理局咨詢下載地址；
5、準備法人身份證復印件、從業人員身份證復印件和健康證；
6、然后制定食品安全管理制度（一般當地市場監督管理局都有模板）；
7、繪制店鋪的平面圖；
8、提交繳納稅費單據證明，證實你所使用的水是正規自來水公司提供的；
9、把這些資料全部準備好后，去當地市場監督管理局提交（有的地方在政務大廳就可以辦理）；
10、資料提交成功之后，市場監督管理局會安排人員來看場地；
11、檢查合規之后一般15-20個工作日食品經營許可證就出來了，很多地方都會打電話通知去領取。
辦理需要的材料如下：
1、由申請者簽署的《食品經營亮消做許可證》申請書1份；
2、營業執照或者其他主體資格證明文件的復印件1份（核對原件）
3、與食品經營相適應的主要設備設施布局平面圖或實景照片（不小于4寸，畫面清晰可見）、操作流程等文件；
4、保證食品安全有關的規章制度清單；
5、員工身份證雙面復印、健康證復印件（核對原件）。
綜上所述，食品經營者在工作日內需要到縣級以上的地方食品藥品監督管理局部
門申請食品檢測，管理人員依法對申請人的生產經營場所進行現場核查。
【法律依據】：
《食品經營許可管理辦法》第十二條
申請食品經營許可，應當向申請人所在地縣級以上地方食品藥品監督管理部門提交下列材料：
（一）食品經營許可申請書；
（二）營業執照或者其他主體資格證明文件復印件；
（三）與食品經營相適應的主要設備設施布局、操作流程等文件；
（四）食品安全自查、從業人員健康管理、進貨查驗記錄、食品安全事故處置等保證食品安全的規章制度。
利用自動售貨設備從事食品銷售的，申請人還應當提交自動售貨設備的產品合格證明、具體放置地點，經營者名稱、住所、聯系方式、食品經營許可證的公示方法等材料。
申請人委托他人辦理食品經營許可申請的，代理人應當提交授權委托書以及代理人的身份證明文件。
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